大鱼的故事是真的吗？
在大鱼海棠里有一个故事，男主是条小鱼，女主是大鱼。他们生活在同一个世界里，而女主是这个世界的主宰。
男主是一条很不起眼的小鱼，一直跟在一个大海蟹的后边，贪婪地吃着水藻，向往着海外面的世界，有一天它跟着一群海龟游到了大陆的最南边。这使它感到非常害怕，因为大海龟告诉它，如果到了陆地上，就没有生命了。不过为了吃到花菜，小鱼还是跟海龟游过了界线。没想到花菜一进到小鱼肚子里，下一秒，小鱼就死了。
后来，小鱼的灵魂出窍了，它发现自己可以随水流入到了大海里。看到一个小女孩在捡贝壳，便跟了上去。原来小女孩名叫椿，是有权统治这个“世界”的女主人。
因为椿有一双可以和动物对话的眼睛。她看到了大鱼，便知道它来自南冥。于是，椿让小蚂蚁给自己带路，去把大鱼请到了家里。接着又与父王，用七颗珠玉把大鱼从海底拖了上来。
大鱼对椿说，它来自北冥。它原本有一个伴侣，也是一条鱼。它们相守了三年，在它们的第三年，那个鱼怀孕，生下了一个如同珍珠般的孩子。但不幸那个孩子被人类偷走了。它要复仇，想要把人类一网打尽。
但可惜椿不喜欢大鱼那冰冷的身躯，只想把它当作宠物来养。为了让大鱼复活，椿摘下了花瓣给大鱼沐浴，用蜡烛给小鱼取暖。但这一切，都被椿的爹反对了。他认为大鱼是邪灵，会坏掉小鱼的性情。
但小鱼不在乎，它说要和大鱼一起老去，死亡。
后来，椿把大鱼带回北冥，也知道了它所说的复仇。大鱼把人类的沉船拖上岸，把船上的沉船货物拿走了。鱼群也跟着大鱼，把沉船拖回北冥。可不幸的是，椿在中间，被船上的炮给打中了。
此时的大鱼却变成人的模样，把自己的内丹掏出来，喂给椿。而这个内丹，便是当初被人类偷走的孩子，他竟是一条蛟。
后来，大鱼带着小王一家和大海龟回到了大海，那里便是它们的家乡。
在这个故事里，有两对情侣：椿与大鱼；鲲与鹏。
椿与大鱼因善良而相遇，因爱而结合。
鲲与鹏原本是无依无靠的孤儿，它们因仇恨而相遇，因仇恨而结合。
大鱼告诉鲲，要毁掉鹏。于是鲲吃了鹏。但事后，大鱼又觉得自己这样做是不对的，便想要用内丹将鲲救活。可是，鲲已经被自己吃掉了，就算大鱼把自己的内丹取出给小鸭，小鸭也只能是一滩水了。
不过幸运的是，小鸭被渔网捞起后，被渔民养大，也成了鲲鹏。在故事最后，鲲变成了大鹏，而小鸭变成了小鲵，两者相伴在白云之间。